メダカは絶滅危惧種です。また、泳ぐ力が弱いため地域変異が多様なのも有名です。

もしメダカを繁殖させ過ぎた場合、例え黒メダカでも絶対に河川に放流しないでください。ペットショップに引き取ってもらうか、飼ってくれる方を探してください。

放流していも良い場合は、自分で小川等で採取したメダカだけの水槽で繁殖させ、更に採取した場所に放流する時だけです。メダカには、地域個体群【ちいきこたいぐん】があるからです。地域個体群とは、地域ごとの、特徴のある群れのことです。メダカは日本の地方によってそれぞれの進化を遂げてきています｡同じ種でも、地域によって、特徴が違います。地域個体群は、地域ごとの財産です。違う地域のものと、混ぜてはいけません。それは、その地域本来の自然とは、違うものです。混ぜたら、自然破壊です。以前は、地域個体群のことが、あまり知られていませんでした。そのために、「本来とは違う地域の個体群が、放流される」といった事故が、起こりました。誤りを防ぐには、勝手に放流しないことです。